南京公益小书房的运行经历了一波三折。刚开始筹备阶段，是由小书房网站版主莫音牵头，于2007年9月9日在湖南路东方娃娃出版社进行了第一次的义工碰头会。后莫音因为工作的关系，几易协调人，几易场地。
2008年1月20日，才终于在小姑娘皮皮露达的带领下于南京师范大学紫金幼儿园内进行了一系列读书会活动，并且在甜妈的东奔西跑下，终于有了一个相对固定的场地：南京市公教一村老少活动中心。 后由于协调人皮皮工作的原因，南京站协调人由三位老义工共同担任：快乐香水、小孜妈妈(xiaozimm)、多多妈(mygirl),（其中，快乐香水主要负责活动的策划，小孜妈妈主要负责信息的发放，和义工的联系等，多多妈主要负责和总部联系，协调义工分工等等）。
2009年3月，由于老少活动中心有自己的活动要做，不再继续提供场地，南京小书房在没有固定场地的情况下，仍然坚持在东方娃娃杂志社会议室等临时借来的活动场地举办读书会，直到2010年3月，在南京明心幼儿园园长的支持下，又将场地安排在了幼儿园园内。
但是好景不长，很快由于幼儿园本身的场地更换用途，南京小书房于2011年初再度陷入无场地可用的境地。在2011年和2012年期间，基本上，所有的图书都堆积在义工自己的家里，也不再有定期的阅读活动，直到2013年，南京小书房仍然未明确自己的站点固定地点，成为了一个漂流中的站点。
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南京小书房过往活动